MRSM Alor Gajah mempunyai empat Bahagian utama iaitu Bahagian Pentadbiran, Bahagian Hal Ehwal Akademik, Bahagian Hal Ehwal Pelajar dan Bahagian Ko-Kurikulum. 
Bahagian - bahagian ini merupakan tunggak utama dalam sistem MRSM Alor Gajah. Pengurusan tertinggi maktab diterajui oleh puan pengetua Cik Juliati binti Abdul Jalil, Hal Ehwal Akademik diterajui oleh Timbalan Pengetua HEA, Hal Ehwal Pelajar diterajui oleh Timbalan Pengetua HEP manakala Ko-kurikulum diterajui oleh Timbalan Pengetua Ko-kurikulum.

Unit Pentadbiran diterajui dan disokong oleh staf-staf yang berdedikasi seramai 30 orang yang banyak membantu
dalam
melancarkan urusan pentadbiran maktab. Bahagian ini di ketuai oleh En. Amruszaky bin Abdul Aziz
berjawatan Pen. Peg.
Tadbir (Tertinggi). Unit pentadbiran MRSMAG mempunyai staf seramai 30 orang.
Objektif utama bahagian ini adalah untuk memastikan setiap urusan pentadbiran,
kewangan dan penyeliaan
asrama  berjalan dengan lancar dan sempurna.