MRSM Alor Gajah mempunyai empat Bahagian utama iaitu Bahagian Pentadbiran, Bahagian Hal Ehwal Akademik, Bahagian Hal Ehwal Pelajar dan Bahagian Ko-Kurikulum. 
Bahagian - bahagian ini merupakan tunggak utama dalam sistem MRSM Alor Gajah. Di pentadbiran diterajui oleh Pen. Peg. Tadbir Tertinggi, Hal Ehwal Akademik 
diterajui oleh Timbalan Pengetua HEA, Hal Ehwal Pelajar diterajui oleh Timbalan Pengetua HEP manakala Ko-kurikulum diterajui oleh Timbalan Pengetua Ko-kurikulum.

Unit Pentadbiran diterajui oleh Penolong Pegawai Tadbir Tertinggi disokong oleh staf-staf yang berdedikasi seramai 30 orang yang banyak membantu dalam melancarkan urusanpentadbiran maktab. Bahagian ini di ketuai olehEn. Amruszaky bin Abdul Aziz berjawatan Pen. Peg. Tadbir (Tertinggi). Unit pentadbiran MRSM AG mempunyai staf seramai 30 orang. Objektif utama bahagian ini adalah untuk memastikan setiap urusan pentadbiran, kewangan dan penyeliaan asrama  berjalan dengan lancar dan sempurna.