MRSM Alor Gajah mempunyai empat Bahagian utama iaitu Bahagian Pentadbiran, Bahagian Kecemerlangan Akademik, Bahagian Pembangunan Pelajar dan Bahagian Pembangunan Bakat. 
Bahagian - bahagian ini merupakan tunggak utama dalam sistem MRSM Alor Gajah. Pengurusan tertinggi maktab diterajui oleh puan pengetua Cik Juliati binti Abdul Jalil, Kecemerlangan Akademik diterajui oleh Timbalan Pengetua KA, Pembangunan pelajar diterajui oleh Timbalan Pengetua PP manakala Ko-kurikulum diterajui oleh Timbalan Pengetua Pembangunan Bakat.

Unit Pentadbiran diterajui dan disokong oleh staf-staf yang berdedikasi seramai 30 orang yang banyak membantu
dalam
melancarkan urusan pentadbiran maktab. Bahagian ini di ketuai oleh Pn. Susilah binti Yaakob
berjawatan Pen. Peg.
Tadbir (Kanan). Unit pentadbiran MRSMAG mempunyai staf seramai 30 orang.
Objektif utama bahagian ini adalah untuk memastikan setiap urusan pentadbiran,
kewangan dan penyeliaan
asrama  berjalan dengan lancar dan sempurna.