Timbalan Pengetua Kecemerlangan Akademik MRSM Alor Gajah iaitu En. Rahim bin Ishak merupakan individu yang diberi tanggungjawab dalam mengawalselia sistem Pengajaran & Pembelajaran (P&P) guru-guru MRSM. Terdapat 4 jabatan iaitu Jabatan Sains, Jabatan Matematik, Jabatan Bahasa dan Jabatan Sains Sosial dimana jumlah guru adalah seramai 70 orang.  Selain itu, terdapat beberapa unit dibawah bahagian KA iaitu Unit PSP dan Unit ICT.