Timbalan Pengetua Hal Ehwal Akademik MRSM Alor Gajah iaitu En. Ikhwan bin Khalil merupakan individu yang diberi tanggungjawab dalam mengawalselia sistem Pengajaran & Pembelajaran (P&P) guru-guru MRSM. Terdapat 4 jabatan iaitu Jabatan Sains, Jabatan Matematik, Jabatan Bahasa dan Jabatan Sains Sosial dimana jumlah guru adalah seramai 70 orang.  Selain itu, terdapat beberapa unit dibawah bahagian HEA iaitu Unit Kaunseling, Unit PSP dan Unit ICT.